Il Museo, pur adottando un criterio espositivo tradizionale basato su un ordine cronologico e tenendo comunque conto della provenienza dei reperti, ha inteso rafforzare l’impianto razionale dell’esposizione mediante l’uso di colori e simboli allusivi per le diverse fasi storiche testimoniate dai reperti, secondo una scala cromatica naturale che dall’arancio termina al rosso. Lungo il percorso espositivo i pannelli, i banner e le fasce sulle vetrine richiamano, facendo da guida al visitatore, il colore identificativo dell’epoca illustrata in ciascuna sala.

SALE 1-4: dai primi abitatori dell’età della pietra (100.000 anni fa) all’illustre popolo degli Enotri, che a partire dalla media età del bronzo e durante l’età del ferro (1.700-720 a.C.) intrattenne scambi con i Micenei prima e i Greci poi, fino alla colonizzazione greca e alla nascita della Magna Grecia. La necropoli di Torre del Mordillo rappresenta il cuore di questa sezione espositiva.
SALA 5: la colonia di Sibari, fondata nel 720 e distrutta nel 510 a.C. dalla città di Crotone, è rappresentata dal santuario extraurbano di Cozzo Michelicchio. Oltre alle note statuette fittili, sono esposti i frammenti dei fregi dipinti, già attribuiti alla località di San Mauro.
SALE 6-8: le vicende della colonia panellenica di Thurii – rifondata nel 444 a.C. per volere di Pericle dagli Ateniesi e gli altri Greci sulle rovine della scomparsa Sibari – e dei popoli indigeni: in opposizione ai Lucani e ai Greci si definisce infine il popolo dei Brettii (356 a.C.), con Cosenza come capitale.
SALE 9-10: i Romani soggiogarono i Brettii dopo la seconda guerra punica (202 a.C.). Cosenza mantenne un’importanza centrale nella regione, come illustrato dagli scavi urbani. Tre epigrafi e la collezione numismatica, con monete dall’età magnogreca a quella medievale, completano l’esposizione.